Systeemdenken binnen het bouwwaardensysteem is de sleutel. Ook bij het bouwwaardenmodel gaat het in de basis om systeemdenken. Dit is een benadering die tracht overzicht over het geheel te behouden, in plaats van zich te concentreren op afzonderlijke onderdelen. Men beschouwt het gedrag van een systeem (bijvoorbeeld een ecosysteem) niet als een simpele keten van oorzaak-gevolgrelaties, maar als het samenspel van met elkaar interagerende deelsystemen, waarbij terugkoppeling een belangrijke rol speelt. Systeemdenken vereist een holistische kijk op het te bestuderen systeem. Dit wil zeggen dat er niet alleen naar de afzonderlijke deelsystemen gekeken wordt, maar vooral ook naar de manier waarop zij wisselwerking vertonen en naar hun plaats in het geheel. Systeemdenken is noch een techniek of methode om problemen te behandelen, maar een wijze om de complexe werkelijkheid te begrijpen en te beheersen. Systeemdenken is gericht op het onderzoeken van patronen, verbanden en relaties tussen deze elementen.

Binnen de bouwsector het gaat hierbij dus ook over het bouwwaardenmodel met een integraal bouwmodel (BIM) en een integraal energiemodel (passief bouwen). Bij de ontwikkeling zoek je naar vaste patronen in het bouwproces om die waar nodig te doorbreken met een blijvende oplossing in plaats van probleemoplossend te handelen.